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为我国最早建立的、以研究和治疗口腔黏膜疾病为主的单位之一。5、学科，后经许国祺教授的努力，以1978年组建全国“两病”（口腔白斑和扁平苔藓）协作组为契机，将口腔黏膜病学列为口腔内科学的三大支柱学科之一。2008年医院批准设立口腔黏膜病科行政建制，在周曾同、蒋伟文、唐国瑶等历届科主任的带领下，口腔黏膜病科已成为全国口腔黏膜病领域名列前茅的优势学科。该科目前拥有专科医师16名，其中具有博士学位10人，硕士学位6人。博士生导师2名，硕士生导师4名。主任医师4名，副主任医师3名。
口腔黏膜病科密切结合临床实际开展科研工作，在口腔白斑、口腔扁平苔藓等癌前病变的中西医结合治疗，分子标志物的筛选和开发具有癌化学预防作用的中成药等方面取得了一定的成果。“复方灯盏细辛胶囊抗白斑的实验与临床研究”获2003年中华中医药学会科学技术奖，“复方绞股蓝抗白斑癌变及防治黏膜上皮异常增生的研究“获2001年上海市科学技术进步奖三等奖，“中西医结合治疗口腔黏膜癌前病变的基础和临床研究”获2007年上海市科技进步三等奖，“口腔黏膜潜在恶性疾病的中西医结合诊疗体系”获得2016年度中华口腔医学会科技奖二等奖。近3年来，学科承担国家自然科学基金以及国家中医药局、国家科委、上海市科委和上海市卫生局等科研项目20余项。在国内外专业学术期刊发表论文50余篇，其中SCI收录20篇。
在长期的医疗实践基础上，口腔黏膜病科形成了三大临床特色：①以口腔白斑病和口腔扁平苔藓（“两病”）临床研究为重点，全面展开口腔黏膜病诊治技术研究；②以口腔黏膜病的系统性发病因素探索为切入口，实施学科交叉；③以中西医结合为特色，提高口腔黏膜病诊治水平。每年门诊量达7万人次以上，在唇部疾病和斑纹类疾病的临床研究和疗效方面居全国领先地位，并在国际上有一定的声誉。对口腔黏膜良恶性溃疡、白色斑纹损害、水疱糜烂损害以及口腔黏膜相关综合征的鉴别诊断能力强，形成了具有自身特色的口腔黏膜疑难杂症诊治方法。
口腔黏膜病科凝练了五大发展方向①口腔黏膜潜在恶性疾病早期诊断和防治；②自身免疫性口腔黏膜疾病规范化诊疗；③口腔黏膜感染性疾病的诊疗及临床药物试验；④口腔黏膜溃疡类疾病的诊疗及理疗；⑤癌化学预防天然药物筛选和验证。强调转化医学理念，开展前瞻性临床研究，从经验医学向循证医学模式转变；加强学科交叉，长期以来与口腔病理科、口腔颌面-头颈肿瘤科共同防治口腔黏膜癌前病变，与皮肤科、中医科、内科系统相关学科联合治疗系统背景性黏膜-皮肤疾病，致力于提高临床诊疗水平。
作为上海交通大学口腔医学院的教学基地，口腔黏膜病科已积累了口腔黏膜病病例照片5000余幅，教学课件资料20学时，教学病例实录录像840分钟，为临床教学提供了良好的支撑条件，多次获得医学院教研室工作优胜奖及授课优胜奖。2005年度口腔黏膜病学入选上海市教委重点课程建设项目，成为学校和上海市精品课程。2013年《口腔黏膜病学》获国家级精品资源共享课立项。主编和参编国家规划教材和专著10余部。
口腔黏膜病科在提高自身学术水平的同时，也加强建立一个国内及国际合作的学术网络。2001年6月起与该市同济大学口腔医院、华山医院、东方医院、曙光医院、市一医院、上海市口腔病防治院等单位进行了口腔黏膜病的临床和科研协作。科室多名医师还以高级访问学者和进修形式完成了与美国、日本、德国、新西兰等国大学或医院的合作课题或学术交流，多次邀请美国，日本，韩国以及香港的学术界著名专家来院做专题报告和学术讨论，加强了对外交流。科室成功主办中华口腔医学会第二次全国口腔黏膜病学术会议和中华口腔医学会第六届全国口腔黏膜病学术会议等在内的多次全国口腔黏膜病学术会议，努力推进口腔黏膜病学科与其他相关学科的交叉和合作，扩大学术影响。口腔黏膜病科全面实施各类人才培养计划，采取培育选拔和国外引进等措施，完善人才梯队，加强亚专业学术带头人的培养，力争在3年内建设成为国内领先、国际知名的口腔黏膜病医疗、教学、科研中心之一，其中，中西医结合治疗口腔黏膜疾病达国际领先水平。
科室一周六天开设专科门诊和专家门诊，使用药物、微波、激光、手术、局部封闭等多种方法治疗口腔黏膜疾病取得了满意疗效，在全国位居先列，并在国际上享有一定声誉。
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